Η μικροβιακή απολύμανση έχει σαν στόχο την αντιμετώπιση μικροοργανισμών που μπορούν να προκαλέσουν μολυσματικές ασθένειες ή και επιδημίες, σε χώρους όπως σχολεία, νοσοκομεία, ξενοδοχεία, τουαλέτες και αποδυτήρια.

Με αυτό τον τρόπο επιτυγχάνεται ένα υψηλό επίπεδο υγιεινής.

Οι εφαρμογές μικροβιακής απολύμανσης γίνονται με σκευάσματα εγκεκριμένα από τον Ε.Ο.Φ. και είναι ικανά να εξουδετερώσουν μια μεγάλη γκάμα παθογόνων μικροοργανισμών (ιών, βακτηρίων και μυκήτων).

Η μικροβιακή απολύμανση μπορεί να γίνει με ειδικές συσκευές εκνέφωσης που έχουν τη δυνατότητα παραγωγής σταγονιδίου μεγέθους ως και 15 mm ή με ψεκαστήρες χαμηλής πίεσης.